Zazen renforce les processus physiologiques.

Il confirme les caractéristiques posturales de l'humain :
la lordose lombaire, la position de la tête et du cou (menton rentré), l'opposition du pouce aux autres doigts de la main, l'extension du genou.
Les rhumatismes atteignent le plus souvent ces endroits si nous ne reprécisons pas régulièrement leur fonction.

L'électrogenese cérébrale est influencée par zazen.
Bien que les yeux soient ouverts, le rythme caractéristique des périodes restructurantes du sommeil apparaît pendant la méditation.

La respiration, favorisant la stabilité du diaphragme et du périnée, permet de maintenir la posture avec un minimum de dépense musculaire et favorise la circulation interne au niveau des organes et du cerveau.